理解蛋白质- rna结合的方法:TDP-43

F额颞叶痴呆(FTLD)是当今最常见的神经退行性疾病之一, 并在没有性别歧视的个体中自发发生, 年龄, 或任何其他人口统计类别(Young等)., 2018).  DNA结合蛋白43 kDA (TDP-43)与FTLD有关(Geser等)., 2009).  目前的机制尚不清楚.  TDP-43能够结合DNA，并被观察到参与rna代谢的许多方面, 比如转录, 翻译, mRNA转运和mRNA稳定.  这种结合核苷酸序列的能力是由于rna识别基序(rrm)的存在。, 它们位于n端和c端结构域之间(分别为NTD和CTD).  TDP-43通过结合富含(UG)蛋白的序列和穿梭RNA分子来促进RNA代谢(Lukavsky等)., 2013).  由于核定位信号(NLS)和核输出信号(NES)，这是可能的。, 除了rrm之外.  而这些领域的结构数据确实存在, 原生全长蛋白尚未被表征. 

这种表征的困难部分是由于富含甘氨酸的CTD的紊乱, 什么有助于蛋白质的相分离，以便在液-液相分离的液滴中包含.  很少有研究关注与RNA结合的RRMs的计算分析, 这给我们在实验之外对rna -蛋白质结合的理解留下了空白.  在这项研究中, HDOCK, AMBER套房, 利用Pymol和Chimera来模拟显示与TDP-43的RRMs结合的RNA序列的结合(Lukavsky等)., 2013).  此外，通过滴定法研究TDP-43与RNA的结合序列.  帮助本研究适用于生物学相关的研究, 从我们的TDP-43构建的eGFP程序正在开发中.